巴東地域遼闊，山川縱橫，水能資源極為豐富，徑流量33億立方米，蘊藏量為173萬千瓦，可開發量為164.3萬千瓦，建設中的水布埡電站裝機149萬千瓦，占全縣開發量的90%。已建電站41座，容量4.38萬千瓦，且已集中并網。

巴東縣境內已知各類植物約160科、734屬，近2000種。尤其是巴東木蓮、亞洲巴山松王，生長于巴峽山谷間。巴東是中國古銀杏群落之鄉，現有銀杏221萬株，百年以上古樹601株。巴東生物資源繁多，河谷地帶建立了柑桔生產基地，是**的錦橙縣。低山和二高山是油桐、烏桕的重點產區。全縣野生、半野生和栽培藥用植物430多種，僅國家掛牌收購的就有177種，天麻、壯細辛，頭頂一顆株等。

巴東礦產資源分布相對集中，已知礦產有燃料、金屬、非金屬礦產共23種。無煙煤儲量居****，是中國100個重點產煤縣之一。煤炭總儲藏量10239萬噸，發熱量達5000-7000大卡，主要分布在麻沙坪、辛家、麂子巖和寶塔河等地。鐵礦資源現已探明有大型鐵礦1處，中型鐵礦4處，小型鐵礦2處，總儲量2.1億噸。硅石礦點多，僅探明兩處，儲量在億噸以上，層厚26-48米，二氧化硅含量達96-98%，礦石大部分裸露。全縣礦泉水年流量達3600立方，含硒、鍶、鋅等幾十種人體必需的礦物質?？h境石灰石分布廣，品位高，儲量大，石灰石總地質面積358萬畝，占全縣總面積的60%，總儲量達10億噸，氧化鈣含量達50%。此外，還有方解石、白云巖、大理石、石板材、石膏、磷、鉀等礦產資源。

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